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『アルガス』に襲い掛かる『ムンゾ』の兵士達。 『ムンゾ』の兵士を撃退して『アルガス』を救ったアムロは、囚われの身となっているアレックス復帰まで、『アルガス騎士団』団長に就任することが決定。 付き従うのはダブルゼータ。 『ムンゾ』に到着し、城内を進んでいくとニューガンダムが仲間に加わります。

アルガス王の悩みは、『アルガス騎士団』を束ねるナイトアレックスの不在。 ナイトアレックスが『ムンゾ』に囚われて以降、『アルガス騎士団』は連携を欠いて不調に陥っています。 そんな中、アムロはダブルゼータと腕比べをすることに。 このイベントに勝利すると、比較的早い段階でダブルゼータを仲間に加えることができます。

アムロが主人公を務める、第３章の攻略が今回からスタート。 この地方では、『ムンゾ』と『アルガス』が争いを続けています。 『アルガス』に向かう途中でバウの襲撃を受けるアムロでしたが、ゼータの出現で無事に『アルガス』に到着することができます。 本作屈指の難易度であるアムロの１人旅が始まります。

閉じ込められた『光の洞窟』で『真実の鏡』を使用すると、『光の弓矢』を発見。 『光の弓矢』は、一旦ドラゴンベビーに奪われるものの、あの後を追いかけることで『光の洞窟』を脱出。 『光の弓矢』の奪還にも成功します。 この後は砂漠に向かい、ジムスナイパーを仲間に加えて『石の城』攻略に着手します。

ナイトガンダムは伝説の巨人の完全復活を防ぐため、『光の弓矢』を求めて『ペルガミノ』の北東にある『光の洞窟』へ。 ナイトガンダムの行く手を遮るのは…５人でしか動かすことができない大きな岩。 ガンタンクを仲間に加えて岩を動かし、『光の洞窟』へ入ると、思わぬ展開がナイトガンダムを襲います。

『ルウムのむら』を出発し、でんせつのきょじん行方を探るナイトガンダム。 『スウィートウォーターのまち』、『グリーンオアシスのまち』を経て、ついにナイトガンダムは巨人の行方のカギを握る”ルフォイのほし”と出会うことに。 ”ルフォイの星”とは、『みなみのほこら』にいる預言者・サラサのことでした。

ブラックドラゴン（サタンガンダム）を撃破し、第２章がスタート。 サタンガンダムを倒したのも束の間、突如として現れたでんせつのきょじん（伝説の巨人）によって、『ラクロア』は壊滅。 フラウから要請を受けたナイトガンダムはセイラとネモを従え、でんせつのきょじん討伐の旅に出発しました。